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【臨時開催】学術情報メディアセンターセミナー 「OME’s Bio-Formats, OMERO, & IDR: Open Tools for Accessing, Integrating, Mining and Publishing Image Data @ Scale」

Post date:2018/10/12

京都大学学術情報メディアセンターでは、各分野でご活躍の講師をお招きし、それぞれの研究開発活動の内容や現在抱えている課題についてご紹介いただき、参加者を含めて広く議論を行う機会として、月例セミナーを開催しています。

10月26日の学術情報メディアセンターセミナーでは、University of Dundee の Jason Swedlow 氏を臨時にお招きし、ご講演いただきます。学内外を問わず多数の方の参加をお待ちしております。

日時 2018/10/26(金)17時00分〜18時00分
会場 学術情報メディアセンター南館 2階 201マルチメディア講義室
http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/access/campus/yoshida/map6r_ys.html
(上記URLのマップ中、93番の建物です)
※お身体の不自由な方はエレベーターをご利用いただけますので、事務室にお申し付けください。
定員
参加費用 無料
参加申込み 不要
主催 京都大学 学術情報メディアセンター
お問い合わせ 京都大学 学術情報メディアセンター  石野 隼伍
電話番号:075-753-7428
メール:ishino.shungo.6c * kyoto-u.ac.jp (*を@に変えてください)
プログラム ◆17時00分~18時00分 【使用言語:英語、同時通訳なし】
講演者: Jason Swedlow (Center for Gene Regulation & Expression, University of Dundee, UK・Professor)

講演題目: OME’s Bio-Formats, OMERO, & IDR: Open Tools for Accessing, Integrating, Mining and Publishing Image Data @ Scale

講演概要: Despite significant advances in biological imaging and analysis, major informatics challenges remain unsolved: file formats are proprietary, storage and analysis facilities are lacking, as are standards for sharing image data and results. The Open Microscopy Environment (OME) is an open-source software framework developed to address these challenges. OME releases specifications and software for managing image datasets and integrating them with other scientific data. OME’s Bio-Formats is a file translator that enables scientists to open and work with imaging data in the software application of their choice. OMERO is an image database application that provides data management and sharing capabilities to imaging scientists. Bio-Formats and OMERO are used in 1000’s of labs worldwide to enable discovery with imaging.
Recently, we have used Bio-Formats and OMERO to build a system for publishing imaging data associated with peer-reviewed publications. This system, the Image Data Resource (IDR) includes image data linked to independent studies from genetic, RNAi, chemical, localisation and geographic high content screens, super-resolution microscopy, and digital pathology. Datasets range from several GBs to tens of TBs. We have also built cloud-based analysis tools portals to catalyse the re-use and re-analysis of published imaging data.
This talk will review our work on these open source image data solutions and present our vision for future image data resources.
備考 【懇親会のご案内】
セミナー後、懇親会を予定しております。参加を希望される方は上記メールアドレスにご連絡ください。
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